EC, siendo un Hokage posterior, revelaría el secreto detrás de la masacre del Clan Uchiha y reinvindicaría a Itachi como un héroe de Konoha

Durante el gobierno del Tercer Hokage (gobernante), el Clan Uchiha se encontraba preparando un golpe de estado para derrocarle y asumir el control político de la aldea de Konoha, reclamando el lugar como gobernantes que, pensaban, les fue negado desde la fundación de la aldea. Para evitar un conflicto armado con el clan más poderoso dentro de la aldea y proteger a la población, el Tercer Hokage y los altos mandos de la aldea le ordenan a Itachi Uchiha una misión ultrasecreta: asesinar a todo su clan. Itachi, siendo el miembro del clan más talentoso en generaciones, acepta cumplir con la misión pero pone como condición dejar vivo a su hermano menor Sasuke Realizada la matanza de su clan, Itachi asume toda la culpa y es visto como uno de los criminales más peligrosos y sádicos en la historia de Konoha, por lo que abandona la aldea. Dadu su enorme amor por Konoha, utiliza su imagen como criminal a su favor para infiltrarse como espía dentro de Akatsuki, una banda criminal compuesta por ninjas extremadamente poderosos, con el fin de proteger a su hogar de los crímenes de dicha banda